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'''生物の分類'''（せいぶつのぶんるい）では、生物を統一的に階級分類する方法を説明する。[[分類学]]、[[学名]]、[[:Category:分類学]]、[[wikispecies:メインページ|ウィキスピーシーズ]]も参照のこと。

== 概説 ==
判明している[[生物]]の[[種 (分類学)|種]]は、300万から1,000万種である。それぞれの種には[[学名]]（属名+種小名または属名+種形容語）がつけられる。学名の前半は属名で、属とはごく類縁関係が近い種をまとめたものである。これらを分類してその分類グループに分類名をつけることが行われている。さらにこの分類を階層的に（小分類>中分類>大分類etc）体系付けすることで、いろいろな生物グループ同士の類縁関係、ひいては進化の系譜を明らかにしようとする。

分類学は、それぞれの時代において、その当時までに判明した情報に基づいてできるだけ納得の出来るような分類の体系を模索し続けてきた。[[カール・フォン・リンネ|リンネ]]の時代には形態を中心に、顕微鏡が使われるようになればそこから得られる情報をも利用し、生化学が発達すれば色素なども利用し、常にできるだけ納得のいく体系が探し求められた。そのため、分類体系は時代と共に変化しつつ、次第に正しい姿に近づいているものと考えられる。20世紀末には[[遺伝子]]そのものを参照する[[分子遺伝学]]の手法が取り入れられ、多くの分類群において大きな見直しが迫られている。したがって、このような体系は今後も変更を余儀なくされることがままあるはずである。

しかしながら、それぞれの時点において、どれかの体系を採用しなければ文章は作れない。そのため、ユアペディアはそれぞれの群で特定の体系を採用している。したがって、その記述が他の書籍等と異なる場合があること、どちらが正しいかの議論が困難な場合があることを記しておく。

== アリストテレスの分類 ==
どのような分類体系が合理的かは、[[アリストテレス]]以来さまざまな工夫がされ、案が出されてきた。
彼の『動物の発生』では動物分類は次のようになる。
# [[人類]]
# 有血動物
## [[胎生]]
### 胎生四足類
### [[クジラ|鯨類]]
## [[卵胎生]]
### [[軟骨魚綱|軟骨魚類]]
## [[卵生]]
### [[鳥類]]
### 卵生四足類
### 無足類
## 不完全卵生
### [[魚類]]
# 無血動物
## 不完全卵生
### [[軟体類]]
### 軟殻類
## 蛆生あるいは自然発生
### 有節類
## 無性生殖または自然発生
### 殻は類
### その他
アリストテレスの権威が絶対とされた中世は、この動物分類が支配的であった。

== リンネの分類 ==
近代的な分類法の刷新は[[カール・フォン・リンネ|リンネ]]から始まった。

リンネは種の学名に二名法（属名と種小名の2語で表す）を採用し、分類を体系づけた。また、属・種の上位分類として、綱・目を設けて、階層的な分類体系とした。

現在の生物分類でもこのルールは変わっていないが、リンネの時代に比べると階層構造はより多段階となっている（後述）。

しかしリンネの分類自体が現在もそのまま生きているわけではない。例えば、リンネは[[クジラ]]を[[魚類]]に分類していたがこれは誤りであった。また[[植物]]を[[雄蕊|おしべ]]の本数を元に分類したことは有名だが、現在の植物分類ではこの分類手法は捨てられている。

また、リンネの時代には「[[進化]]」の概念がなかったため、リンネの分類はあくまでも形態の類似異同の差異による操作に限られる限界があった。

== 最上位分類の変遷 ==
=== 界 ===
{{main|界 (分類学)}}
生物（現在から見れば高等生物のみであるが）は古代から植物・動物・人間の3つに分けられ、近代にはそれぞれが[[界 (分類学)|界]]とされた。

微生物が発見されてくると、[[1860年]]、[[エルンスト・ヘッケル]]が[[原生生物]]界を作り四界とした。さらに後には[[六界説]]、[[九界説]]などが登場してきたが、現在から見れば過渡的な分類と言える。

一方、[[原核生物]]の研究が進むと、[[細胞核]]の有無など[[細胞]]の基本構造の違いに比べれば従来の界の違いは表層的なものであるとして、界より上の分類が現れた。

=== ドメイン ===
{{main|ドメイン (分類学)}}

界より上の階級は、上界、ドメインなどと呼ばれたが、現在では[[ドメイン (分類学)|ドメイン]]で統一されている。（上界はドメインと界の間の階級として使われることがある）

[[1937年]]、[[エドゥアール・シャットン|シャットン]]は、生物全体を[[原核生物]]・[[真核生物]]・人間の3つの上界に分類した。

1990年、[[カール・ウーズ|ウーズ]]は、原核生物を[[真正細菌]]と[[古細菌]]に分割し、また階級名をドメインとした。ウーズによれば、生物全体は、'''人間'''、'''真核生物'''、'''真正細菌'''、'''古細菌'''に分かれる。

=== 系統的な分類へ ===
2000年代初頭までは、最新分類として、九界説をはじめとするキャバリエ＝スミスの説がよく使われていた（Cavalier-Smith, 2002など）。九界説等はどちらかといえば、それまでの界の枠組みを残しつつ、それまでに得られた系統情報を盛り込んだものである。

その一方で、しだいに遺伝子解析の手法も熟練度を増し、系統そのもので分類することが出来るレベルにまでなってくる。

2005年、国際原生生物学会から真核生物の新しい分類体系（Adl ''et al.''）が提出された。
この分類は、それまでの界の枠組みを廃し、真核生物を6つの[[スーパーグループ (分類学)|スーパーグループ]]に分類するものである。ウィキペディアの各記事でも、これらを界相当の分類として採用している場合が多い。

クロムアルベオラータについては、当時から単系統性が疑問視されていて、近年に見られる他の多くの分類では細分される傾向にある。（細分した場合には通常、ストラメノパイル、アルベオラータ、クリプト植物、ハプト植物の４グループに分けられる。2010年現在では、[[クリプト植物]]と[[ハプト植物]]が姉妹関係にあるとして、[[有中心粒類]]を含めて、[[ハクロビア]]という分類群を形成するとする説が有力視されるようになってきている。また一方では、上述のスーパーグループのうちの4つをまとめた[[バイコンタ]]が、その単系統性を有力視されるようにもなった。

そのような近年の分子系統学的な成果を取り入れつつ、階層分類を盛り込んだものもある。

== 一般的分類例 ==
=== [[原核生物]] ===
==== [[真正細菌]]（[[ドメイン (分類学)|ドメイン]]：バクテリア） ====
* [[アシドバクテリア門]]
* [[アクイフェックス門]]
* [[放線菌|アクチノバクテリア門]]
* [[エルシミクロビウム門]]
* [[カルディセリクム門]]
* [[クラミジア門]]
* [[緑色硫黄細菌|クロロビウム門]]
* [[クロロフレクサス門]]
* [[クリシオゲネス門]]
* [[サーモデスルフォバクテリウム門]]
* [[サーモミクロビア門]]
* [[藍藻|シアノバクテリア門]]
* [[ゲマティモナス門]]
* [[シネルギステス門]]
* [[スピロヘータ|スピロヘータ門]]
* [[ディクチオグロムス門]]
* [[デイノコッカス-サーマス門]]
* [[テネリクテス門]]
* [[デフェリバクター門]]
* [[テルモトガ門]]
* [[ニトロスピラ門]]
* [[バクテロイデス門]]
* [[フィルミクテス門]]
* [[フィブロバクター属|フィブロバクター門]]
* [[フソバクテリア門]]
* [[プランクトミケス門]]
* [[プロテオバクテリア|プロテオバクテリア門]]
* [[ウェルコミクロビウム門]]
* [[レンティスファエラ門]]

==== [[古細菌]]（[[ドメイン (分類学)|ドメイン]]：アーキア） ====
* [[クレンアーキオータ門|クレンアーキオータ門（界）]]
* [[ユリアーキオータ門|ユリアーキオータ門（界）]]
* [[コルアーキオータ門|コルアーキオータ門（界）]]
* [[ナノアーキオータ門]]
* [[タウムアーキオータ|タウムアーキオータ門]]

=== [[真核生物]] ===
==== [[原生生物|原生生物界]] ====
* [[藻類]]
** [[緑藻]]
** [[褐藻]]
** [[紅藻]]
** [[珪藻]]類
** [[ユーグレナ植物]]門
** [[クリプト植物]]門
** [[渦鞭毛植物]]門
* [[原生動物]]
** [[繊毛虫]]門
** [[根足虫]]類
*** [[アメーバ]]
*** [[有孔虫]]
*** [[太陽虫]]
*** [[放散虫]]
** [[胞子虫]]門
*** [[アピコンプレクサ]]
*** [[微胞子虫]]
*** [[粘液胞子虫]]
** [[鞭毛虫]]
*** [[トリパノソーマ]]類
*** [[襟鞭毛虫]]
*** [[超鞭毛虫]]
*** [[多鞭毛虫]]
* その他
** [[変形菌]]門
** [[細胞性粘菌]]
** [[ラビリンチュラ]]
** [[二毛菌門]]

==== [[植物界]] ====
* [[緑藻]]門
* [[コケ植物|コケ植物門]]
* [[車軸藻類|車軸藻門]]
* [[維管束植物]]亜界
** [[古マツバラン門]]
** [[ヒゲノカズラ門]]
** [[トクサ植物門]]
** [[ハナヤスリ類|ハナヤスリ門]]
** [[シダ植物門]]
** [[球果植物門]]（マツ門）
** [[ソテツ類|ソテツ門]]
** [[イチョウ類|イチョウ門]]
** [[グネツム綱|マオウ門]]
** [[被子植物門]]（モクレン門）
*** [[双子葉植物綱]]（モクレン綱）
*** [[単子葉植物綱]]（ユリ綱）

==== [[菌類|菌界]] ====
* [[ツボカビ門]]（[[ツボカビ]]）
* [[接合菌門]] （[[ケカビ]]、[[クモノスカビ]]）
* [[子嚢菌]]門([[酵母]]、[[アカパンカビ]])
* [[担子菌門]]（[[キノコ]]）

* [[不完全菌]]（[[アオカビ]]など。現在は分類群としては認めない）
* [[地衣類|地衣植物門]]（菌類と藻類の共生体・学名は菌類のもの）

==== [[動物|動物界]] ====
* [[海綿動物|海綿動物門]]
* [[平板動物]]門（[[センモウヒラムシ]]）
* [[刺胞動物|刺胞動物門]]（[[クラゲ]]、[[イソギンチャク]]、[[サンゴ]]）
* [[有櫛動物|有櫛動物門]]（[[クシクラゲ]]）
* [[中生動物]]門（[[ニハイチュウ]]）
* [[扁形動物]]門（[[ウズムシ]]、[[プラナリア]]）
* [[紐形動物]]門（[[ヒモムシ]]）
* [[顎口動物]]門
* [[腹毛動物]]門
* [[輪形動物]]門（[[ワムシ]]）
* [[動吻動物]]門
* [[鉤頭動物]]門
* [[内肛動物]]門
* [[線形動物]]門（[[回虫]]、[[C. elegans]]）
* [[類線形動物]]門（[[ハリガネムシ]]）
* [[外肛動物]]門
* [[箒虫動物]]門
* [[腕足動物]]門
* [[軟体動物]]門（[[貝]]、[[イカ]]、[[タコ]]）
* [[鰓曳動物]]門
* [[星口動物]]門（[[ホシムシ]]）
* [[ユムシ動物]]門
* [[環形動物]]門（[[ミミズ]]、[[ゴカイ]]）
* [[緩歩動物]]門（[[クマムシ]]）
* [[五口動物]]門
* [[有爪動物]]門（[[カギムシ]]）
* [[節足動物]]門
** [[鋏角亜門]]
*** [[ウミグモ上綱]]
*** [[カブトガニ上綱]]（[[カブトガニ]]）
*** [[クモ上綱]]（[[クモ]]、[[サソリ]]）
** [[甲殻亜門]]（[[エビ]]、[[カニ]]）
** [[多足亜門]]
*** [[唇脚綱|ムカデ綱]]（唇脚綱、[[ムカデ]]）
*** [[コムカデ綱]]（結合綱、[[コムカデ]]）
*** [[エダヒゲムシ綱]]（少脚綱、[[エダヒゲムシ]]）
*** [[ヤスデ綱]]（倍脚綱、[[ヤスデ]]）
** [[六脚亜門]]
*** [[内顎綱]]
*** [[外顎綱]]（[[昆虫綱]]）
* [[棘皮動物]]門（[[ウニ]]、[[ヒトデ]]、[[クモヒトデ]]、[[ナマコ]]、[[ウミユリ]]）
* [[毛顎動物]]門（[[ヤムシ]]）
* [[半索動物]]門（[[ギボシムシ]]）
* [[脊索動物]]門
** [[尾索動物]]亜門（[[ホヤ]]）
** [[頭索動物]]亜門（[[ナメクジウオ]]）
** [[脊椎動物]]亜門
*** [[無顎上綱]]
**** [[ヌタウナギ]]綱
**** [[頭甲綱]]（[[ヤツメウナギ]]）
*** [[顎口上綱]]
**** [[軟骨魚綱]]（[[サメ]]、[[エイ]]、[[ギンザメ]]）
**** [[肉鰭綱]]（[[シーラカンス]]、[[ハイギョ]]）
**** [[条鰭綱]]
**** [[両生綱]]
**** [[爬虫綱]]
**** [[哺乳綱]]
**** [[鳥綱]]

=== [[人間]] ===
* 人間門
** 人間亜門
*** 人間上綱
**** 人間綱（[[ヒト]]のみで構成）

== 分子系統学的分類例 ==
20世紀後半から勃興した、[[タンパク質]]の[[アミノ酸]]配列や[[核酸]]の[[塩基配列]]決定法の技術、そしてそのデータを用いて系統の類縁関係を推定する解析手法の進展に伴って、従来の生物系統分類法は大きな変革を迫られている。特に、これまで他のグループに所属させることができないために一括りに分類されていた、原生生物や藻類、一部の菌類につき系統が大幅に見直されつつある。学問上は三界説ないし六界説は既に瓦解したと言っても過言ではない。ここでは[[トーマス・キャバリエ＝スミス|キャヴァリエ＝スミス]] (Thomas Cavalier-Smith) らが中心となって提唱している分子系統学的分類の一例を示す（ただし現生生物のみ。真正細菌はグプタ、古細菌はレイクらの説も参考）。従来の界、門、綱との整合性は今後の課題である。この分野は現在さらに進展しつつあるため、今後も大小の変更があり得る。

* [[真正細菌]] (Bacteria) エステル型脂質を持つ原核生物、[[ムレイン]][[細胞壁]]
** グラム陰性菌系統 (Negibacteria) 外膜を持つ真正細菌。グラム陽性菌系統に対して側系統の可能性あり
*** テラバクテリア (Terrabacteria) グラム陽性菌系統を内包する可能性あり
**** [[シアノバクテリア]] (Cyanobacteria) 酸素発生型光合成細菌
**** [[クロロフレクサス門|クロロフレクサス]](Chloroflexi)
**** [[デイノコッカス-サーマス門|デイノコッカス-サーマス]] (Deinococcus-Thermus)
*** グラキリクテス (Gracilicutes)
**** [[プロテオバクテリア]] (Proteobacteria)
***** アルファプロテオバクテリア (Alphaproteobacteria)
***** ベータプロテオバクテリア (Betaproteobacteria)
***** ガンマプロテオバクテリア (Gammaproteobacteria)
***** デルタプロテオバクテリア (Deltaproteobacteria)
***** [[アクイフェックス門|アクイフェックス]] (Aquificae) 及びイプシロンプロテオバクテリア (Epsilonproteobacteria)
**** スフィンゴバクテリア (Sphingobacteria)
***** [[緑色硫黄細菌]] (Chlorobi)
***** [[バクテロイデス門|バクテロイデス]] (Bacteroidetes)
**** [[スピロヘータ]] (Spirochetes)
**** プランクトバクテリア (Planctobacteria)ペプチドグリカンを欠損する系統を多く含む
***** [[クラミジア]] (Chlamydiae)
***** ウェルコミクロビウム (Verrucomicrobia)
***** プランクトミケス (Planctomycetes)
***** レンティスファエラ (Lentisphaerae)
** グラム陽性菌系統 (Posibacteria) 外膜を持たない真正細菌。グラム陰性菌系統に対して側系統の可能性あり
*** [[フィルミクテス門|フィルミクテス]] (Firmicutes) 低GC含量。芽胞形成
**** バシラス類 (Bacilli) 偏性または通性好気性
**** クロストリジウム類 (Clostridia) 偏性または通性嫌気性
*** [[テネリクテス門|テネリクテス]] (Tenericutes) 細胞壁を欠如
*** [[放線菌|アクチノバクテリア]] (Actinobacteria) 高GC含量。菌糸及び胞子形成
* 広義のアーキア（[[ネオムラ]]とも） DNA複製・転写・翻訳に共通性
** [[古細菌]] (Archaea) （他生物に対して対掌体の）エーテル型脂質を持つ原核生物。
*** [[ユリアーキオータ]] (Euryarchaeota)
**** [[高度好塩菌]] (Halobacteria)
**** クラスIメタン菌
***** [[メタノコックス綱|メタノコックス]] (Methanococci)
***** [[メタノバクテリウム綱|メタノバクテリア]] (Methanobacteria)
***** [[メタノピュルス・カンドレリ|メタノピュルス]] (Methanopyri)
**** [[メタノミクロビウム綱|メタノミクロビア]] (Methanomicrobia)
**** [[テルモコックス綱|テルモコックス]] (Thermococci)
**** [[ナノアーキオータ門|ナノアーキオータ]] (Nanoarchaeota)
**** [[テルモプラズマ綱|テルモプラズマ]] (Thermoplasmata)
*** [[コルアーキオータ]] (Korarchaeota)
*** 広義の[[クレンアーキオータ]] (Crenarchaeota) 真核生物とクレンアーキオータを統合してカリオタ (Karyota) とする説有り（[[クレンアーキオータ門#エオサイト仮説|エオサイト説]]）
**** [[クレンアーキオータ門|クレンアーキオータ]] (Crenarchaeota)
**** [[タウムアーキオータ]] (Thaumarchaeota)
**** [[アイグアーキオータ]] (Aigarchaeota)
** [[真核生物]] (Eukaryote) 核膜有り、線状染色体、細胞骨格・原形質流動有り、80Sリボソーム、有糸分裂有り
*** [[バイコンタ]](Bikonta) 2本[[鞭毛]]を持つ真核生物（退化により持たないものも有り）
**** [[植物]]（狭義、一次植物）(Plantae, [[アーケプラスチダ|Archaeplastida]]) 一次共生により[[葉緑体]]を獲得した真核生物の直系の子孫、板状[[ミトコンドリア]]クリステ、葉緑体包膜が2重
***** 緑色植物 (Viridiplantae) ：[[被子植物]]、[[裸子植物]]、[[シダ植物]]、[[コケ植物]]、[[車軸藻類|シャジクモ藻類]]、[[緑藻]]類
***** 灰色植物 (Glaucophyta)
***** 紅色植物 (Rhodophyta) ：[[紅藻]]類
**** 盤状クリステ類 (Discicristatae) 盤状ミトコンドリアクリステ、エクスカヴェートに含める意見有り
***** [[ユーグレノゾア]] (Euglenozoa) ：[[ユーグレナ植物]]、[[キネトプラスト類]]
***** [[ヘテロロボサ]] (Heterolobosea) ：[[ネグレリア]]類、[[細胞性粘菌|アクラシス類]]
***** ジャコバ類 (Jacobea) ミトコンドリアクリステは板状
**** [[エクスカバータ|エクスカヴェート]] (Excavates) 細胞腹側に深くえぐれた捕食装置を有する真核生物の一群
***** マラウイモナス (''Malawimonas'') 盤状クリステ類の可能性あり
***** トリコゾア類 (Trichozoa) ：ディプロモナス類、レトルタモナス類、パラバサリア類
***** アネロモナス類 (Anaeromonada) ：オキシモナス類
**** [[ストラメノパイル]] (Stramenopiles) 中空の鞭毛小毛を有する真核生物の一群、[[アルベオラータ]]を含めて[[クロムアルベオラータ|クロマルヴェオラータ]] (Chromalveolata) とする意見有り
***** 無殻太陽虫類 (Actinophryida)
***** [[オパリナ]]類 (Opalozoa)
***** [[ラビリンチュラ]]類 (Labyrinthista)
***** ビコソエカ（ビコエカ）類 (Bicosoecales、Bicoecales)
***** プラシディア類 (Placididea)
***** デヴェロパエラ (''Developayella'')
***** [[卵菌類]] (Oomycetes) ：ツユカビ類、[[ミズカビ|ミズカビ類]]
***** [[サカゲカビ|サカゲツボカビ]]類 (Hyphochytriomycetes)
***** [[不等毛植物]]類（[[黄色植物]]類）(Heterokontophyta,Chromophyta) ：[[褐藻]]類、[[珪藻]]類
**** [[アルベオラータ]] (Alveolata) 細胞膜直下に扁平な小胞を有する真核生物の一群
***** [[繊毛虫]]類 (Ciliata) ：[[ラッパムシ|ラッパムシ類]]、[[ゾウリムシ]]、[[ツリガネムシ]]
***** [[アピコンプレクサ]]類 (Apicomplexa) ：[[マラリア原虫]]、トキソプラズマ、[[クリプトスポリジウム]]
***** [[渦鞭毛藻]]類 (Dinophyta) 例：[[褐虫藻]]、[[ヤコウチュウ]]
**** [[リザリア]] (Rhizaria) 分子情報による類縁、アメーバ状生物が多いが全てに共通する形態的特性は無い
***** レタリア (Retaria) ：[[有孔虫]]類、[[放散虫]]類、一部の[[太陽虫]]類
***** [[ケルコゾア]] (Cercozoa) ：ケルコモナス類、[[クロララクニオン藻]]類、[[ネコブカビ]]類、ユーグリファ類
**** 所属不明
***** [[クリプト植物]] (Cryptophyta) 独立の界とする研究例有り
***** [[ハプト植物]] (Haptophyta) 植物に近縁とする研究例有り
***** アプソゾア類 (Apusozoa)
***** 有中心粒類 (Centrohelida) バイコンタとアメーボゾアの間に位置するという研究例有り
*** [[ユニコンタ]] (Unikonta) 1本鞭毛を持つ真核生物（真菌類は[[退化]]して鞭毛を持たない）
**** [[アメーボゾア]] (Amoebozoa) 分子情報による類縁、真核生物の最も原始的な系統、アメーバ状生物が多い（アメーボゾアとバイコンタを統合してアンテロコンタ (Anterokonta) とする説有り）
***** 葉状仮足類（ロボサ）(Lobosa) ：[[アメーバ]]類
***** コノサ (Conosa) ：[[変形菌]]、[[細胞性粘菌|タマホコリカビ類]]、アカントアメーバ類、エントアメーバ類、ペロビオンタ類
**** [[オピストコンタ]] (Opisthokonta) 鞭毛を後方にして運動する真核生物
***** [[菌類]] (Fungi) ：[[子嚢菌]]類、[[担子菌]]類、[[微胞子虫]]類
***** メソミセトゾア(Mesomycetozoa) ：イクチオスポラ類
***** コアノゾア (Choanozoa) 例：[[襟鞭毛虫]]類
***** [[後生動物]] (Metazoa) 例：海綿動物、刺胞動物、脱皮動物（線形動物、節足動物）、冠輪動物（扁形動物、環形動物、軟体動物）、後口（新口）動物（棘皮動物、半索動物、脊索動物）
* [[ヒト]]

== 関連項目 ==
* [[学名]]
* [[種 (分類学)]]
* [[古細菌の分類]]（古細菌の分類群を網羅）
* [[細菌の分類]]
* [[ウイルスの分類]]

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[[Category:分類学]]
[[Category:生物の分類|*]]

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	== 概説 ==		== 概説 ==

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	== 概説 ==		== 概説 ==

生物の分類 - 変更履歴

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